Leczenie kanałowe stosuje się w przypadku zaawansowanej próchnicy, która rozwinęła się pod szkliwem albo założonym wcześniej wypełnieniem. Leczenie polega na usunięciu miazgi zębowej, oczyszczeniu i zdezynfekowaniu kanałów oraz wypełnieniu ich gutaperką. Następnie dochodzi do rekonstrukcji zęba.
Skomplikowane sieci kanałów wymagają czasami od dentysty użycia mikroskopu. Stosuje się go w przypadku wąskich i krętych kanałów. Mikroskop stosuje się też w przypadku perforacji kanału i ponownego leczenie kanałowego. Mikroskop może powiększyć widoczność aż dwudziestopięciokrotnie, dzięki czemu czyszczenie kanałów jest o wiele bardziej precyzyjne.
Stomatolog może dojrzeć odgałęzienia niewidoczne gołym okiem. W czasie takiego zabiegu pacjent musi leżeć na wznak. Bezpośrednio nad nim znajduje się mikroskop, który może być przestawiany w zależności od potrzeb stomatologa. Nie siedzi on obok pacjenta, ale za jego głową.